Aufgewachsen in Berlin, wo sein Vater Leon Spierer unter Herbert von Karajan 1. Konzertmeister der Berliner Philharmoniker war, erhielt er seine grundlegende Ausbildung am Klavier und an der Geige. Nach seinem Violinstudium bei Fredell Lack an der Universität Houston wechselte er 1984 an die Hochschule für Musik in Hamburg und studierte im Hauptfach Dirigieren bei Klauspeter Seibel. Schon während seines Studiums nahm Carlos Spierer an verschiedenen Meisterklassen teil, unter anderem 1987 im Rahmen des Schleswig-Holstein-Musikfestivals bei Leonard Bernstein, aus dessen Dirigier-Wettbewerb er als Preisträger hervorging.

1990 führte ihn das erste Engagement für fünf Jahre an das Opernhaus Kiel, wo er als Kapellmeister, Solorepetitor und musikalischer Assistent des GMD unter anderem Premieren und Vorstellungen vieler gängiger Opern leitete. Damit konnte er den Grundstock für sein großes Opernrepertoire legen, das er in den folgenden Jahren an der San Francisco Opera, der Komischen Oper Berlin, der Oper Frankfurt und der Oper Tallinn beständig um bekannte, wieder- oder neuentdeckte Werke der Opernliteratur erweitern konnte. Von 2003 stand er als Chefdirigent und künstlerischer Leiter dem Orquesta Sinfónica de Minería in Mexico City zwei Jahre lang vor. 2003 bis 2011 war er Generalmusikdirektor des Stadttheaters Gießen.

Auch im Bereich sinfonischer Werke erarbeitete Carlos Spierer mit vielen namhaften Orchestern, unter anderem der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen, dem Philharmonischen Orchester von Buenos Aires, dem NHK Sinfonieorchester Tokio, dem HR Sinfonieorchester Frankfurt, dem Königlichen Philharmonischen Orchester Stockholm, dem Philharmonischen Orchester Warschau sowie dem Nationalen Sinfonieorchester des Polnischen Rundfunks ein breitgefächertes Repertoire. In seinen Positionen als künstlerischer und/oder musikalischer Leiter wie zum Beispiel des Gävle Sinfonieorchesters in Schweden, des Orquesta Sinfónica de Minería in Mexico City oder dem Sinfonieorchester des Stadttheaters Gießen gestaltete er Programme, die sich durch große stilistische Vielfalt aus verschiedensten musikalischen Epochen auszeichneten und sich somit immer wieder gegenüber neuen Hörerfahrungen öffneten.

International verantwortete er Konzerte und Opern­produktionen mit dem Orquesta Nacional de Costa Rica, dem Philharmonischen Orchester von Mexico City, dem Schleswig-Holsteinischen Sinfonieorchester, an der Berlin Opera Academy und in Vicenza, Italien.

Ein Schwerpunkt seiner Tätigkeit liegt auf der Förderung von angehenden Musikern und speziell der von Dirigenten. Mit diesem Anliegen engagiert sich Carlos Spierer sowohl privat als auch mit Lehrveranstaltungen und Meisterkursen bei der Berlin Opera Academy, dem Texas Music Festival in Houston, der Universidad de Costa Rica und an der UNAM in Mexico City.

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